Presidente da 3^a República, a lei referente à separação das Igrejas e do Estado foi adotada durante seu mandato de sete anos. Émile Loubet não foi candidato à sua própria sucessão após o fim de seu mandato.

Prefeito de Montélimar em 1870, conselheiro geral da Drôme, eleito deputado entre os moderados em 1876, ele luta particularmente por uma escola primária laica, gratuita e obrigatória. Senador em 1885, cumpriu a função de Ministro das Obras Públicas de dezembro de 1887 a março de 1888. Em seguida, tornou-se presidente do Conselho e Ministro do Interior em fevereiro de 1892, porém pediu demissão já no mês de novembro, acusado de complacência relativamente aos políticos acusados de corrupção no contexto do chamado escândalo do Panamá.

Presidente do Senado em 1896, iniciou uma tradição que, até o ano de 1940, fez dessa função o passo precedente à conquista da presidência da República. Eleito presidente no dia 18 de fevereiro de 1899, partidário de Dreyfus, favorável à revisão do processo de mesmo nome, pede a Waldeck-Rousseau que forme um governo para resolver por fim o caso. Mas Dreyfus, de volta da Ilha do Diabo, é condenado novamente pela Corte marcial. Loubet concede a ele o indulto.

Sua política externa é dinâmica, culminando com visitas a Nicolau II na Rússia, Eduardo VII na Inglaterra, Vitor Emanuel III na Itália (provocando a ruptura de relações diplomáticas por parte de Pio X) e resolve o conflito colonial com a Inglaterra através da Entente cordiale, concluída em abril de 1904.

Promulgada no dia 9 de dezembro de 1905, a lei referente à separação das Igrejas e do Estado seguiu garantindo a liberdade de consciência e a liberdade de culto.