Das Amt des Regionalpräfekten wurde bei der Einführung der regionalen Verwaltungen im Jahr 1964 geschaffen. Seine Funktionen ensprechen weitgehend denen der Präfekten der Departements.

Er kontrolliert die Rechtmäßigkeit der Aktionen des Regionalrats (Conseil régional) und besitzt dieselbe Autorität über die Direktoren seiner Region wie der Präfekt des Départements über die des Départements. Er besitzt außerdem Leitungsbefugnisse über den gesamten Staatsapparat in seiner Region und koordiniert die Umsetzung der nationalen Politik in Bereichen wie die Raumplanung und die wirtschaftliche und soziale Entwicklung.

Als Koordinierer und Impulsgeber verteilt er die staatlichen Finanzmittel - als Repräsentant seiner Region bei der Europäischen Union auch die europäischen - an die Präfekten seiner Départements. Er bereitet die Dossiers vor, teilt seine Ansichten der Regierung mit, bevor er sie nach Brüssel weitergibt, beaufsichtigt ihre Weiterverfolgung und wacht über die Einhaltung der europäischen Regelungen.

Zwei wichtige Anmerkungen:

- Der Regionalpräfekt übt gleichzeitig das Amt des Präfekten im Département der regionalen Hauptstadt aus.

- Es gibt in jedem Département nur einen offiziellen Vertreter der Regierung, nämlich den Präfekten.