La fonction de préfet existe depuis plus de deux siècles. Son histoire remonte à la Révolution, lorsqu’en 1790 l’Assemblée constituante crée 83 départements, animés par des assemblées locales sans véritable contrôle. Suite à la proclamation de la I^ère République en 1792, les pouvoirs accordés aux assemblées locales sont repris par le Gouvernement parisien. C’est donc une période de grande centralisation.

Afin de pacifier le pays et asseoir l’autorité de l’Etat, Bonaparte crée la fonction de préfet en 1800, dont le rôle repose sur deux objectifs majeurs :

- le maintien de l’ordre public dans le département

- la représentation du pouvoir exécutif

Jusqu’au milieu du XIXe siècle, le préfet conserve les pouvoirs de l’Etat malgré l’existence d’une assemblée départementale, le conseil général, dont les attributions sont limitées et leur exercice subordonné à l’accord du préfet.

A partir de la fin du XIXe siècle, le conseil général reçoit progressivement des compétences propres (voter un budget, lever des impôts), mais le préfet demeure toujours l’exécutif du département : par exemple, il prépare et exécute le budget, il désigne les maires des communes de moins de 5 000 habitants et propose les nominations des autres maires.

Depuis la réforme de 1982 et ses lois dites de décentralisation, le préfet perd l’autorité exécutive du département au profit du président du conseil général. Il n’a plus qu’un contrôle de légalité a posteriori sur les décisions du conseil général. Toutefois, le préfet demeure le chef incontesté des services déconcentrés de l’Etat.